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Oct 03, 2023

Ciblé et entier

Volume Biologie des communications

Communications Biology volume 6, Article number: 619 (2023) Citer cet article

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Le Mozambique est l'un des quatre pays africains qui représentent plus de la moitié de tous les décès dus au paludisme dans le monde, mais on sait peu de choses sur la structure génétique du parasite dans ce pays. Nous avons effectué le séquençage de l'amplicon de P. falciparum et du génome entier sur 2251 échantillons de sang infectés par le paludisme prélevés en 2015 et 2018 dans sept provinces du Mozambique pour génotyper les marqueurs de résistance antipaludique et interroger la structure de la population de parasites à l'aide de microhaplotyes à l'échelle du génome. Ici, nous montrons que les seuls marqueurs associés à la résistance observés à des fréquences supérieures à 5 % étaient pfmdr1-184F (59 %), pfdhfr-51I/59 R/108 N (99 %) et pfdhps-437G/540E (89 %). La fréquence des mutants quintuples pfdhfr/pfdhps associés à la résistance à la sulfadoxine-pyriméthamine est passée de 80 % en 2015 à 89 % en 2018 (p < 0,001), avec une hétérozygotie attendue plus faible et une parenté plus élevée des microhaplotypes entourant les mutants pfdhps que les parasites de type sauvage. de sélection récente. Les mutants quintuples pfdhfr/pfdhps ont également augmenté de 72 % dans le nord à 95 % dans le sud (2018 ; p < 0,001). Ce gradient de résistance s'est accompagné d'une concentration de mutations à pfdhps-436 (17 %) au nord, d'une augmentation sud-nord de la complexité génétique des infections à P. falciparum (p = 0,001) et d'une signature microhaplotypique de différenciation régionale . La structure de la population de parasites identifiée ici offre des informations pour guider les interventions antipaludiques et les enquêtes épidémiologiques.

Le Mozambique fait partie des dix pays les plus touchés par le paludisme dans le monde, avec environ 10,2 millions de cas en 20211. La transmission du paludisme est très hétérogène dans le pays, avec une charge élevée dans le nord et une transmission très faible dans le sud, nécessitant donc différents stratégies de lutte efficace et d'élimination potentielle2. Le traitement précoce du paludisme avec des combinaisons thérapeutiques à base d'artémisinine (ACT) et l'utilisation de médicaments antipaludiques pour la prophylaxie et la prévention restent essentiels pour contrôler le paludisme et, à terme, l'éliminer. Cependant, la résistance à l'artémisinine3 et aux médicaments associés4, ainsi qu'à la sulfadoxine-pyriméthamine (SP) utilisée pour la chimioprévention5, menace l'effort mondial visant à réduire le fardeau du paludisme6.

La surveillance de l'efficacité antipaludique est essentielle pour atténuer et gérer le risque de résistance aux médicaments antipaludiques4. L'identification de marqueurs moléculaires de la résistance antipaludique a conduit à des approches génétiques qui peuvent compléter les études d'efficacité thérapeutique qui suivent des protocoles standardisés6,7 pour confirmer la résistance, surveiller les tendances et déclencher des signaux d'alerte précoce6. Dans le cas de l'artémisinine, une résistance partielle (élimination retardée des parasites) a été liée à des mutations dans la région de l'hélice pfkelch133,6. Dans la sous-région du Grand Mékong, l'émergence de ces mutations a été associée à des mutations de la protéine ribosomale 10 de P. falciparum apicoplast (pfarps10 ; PF3D7_1460900), de la ferrodoxine (pffd, PF3D7_1318100), du transporteur de résistance à la chloroquine (pfcrt ; PF3D7_0709000) et de la multirésistance 2 ( pfmdr2 ; PF3D7_1447900) gènes8. Récemment, la mutation pfkelch13 validée R561H a été détectée au Rwanda9 et en Tanzanie10, tandis que A675V et C469Y ont été associés à des demi-vies prolongées de clairance parasitaire en Ouganda11.

Le développement de la résistance aux médicaments partenaires ACT continue de poser un défi dans le traitement du paludisme4. Une résistance accrue à la pipéraquine a été associée à une amplification génique d'une section du chromosome 14 impliquant les gènes plasmepsine 2 et 312, ainsi qu'à des polymorphismes mononucléotidiques dans un gène putatif d'exonucléase (pfexo, PF3D7_1362500) dans des isolats de parasites du Cambodge12. Des mutations du gène du transporteur de résistance multidrogue 1 (pfmdr1) (N86Y, Y184F et D1246Y) ont été associées, mais pas entièrement validées, à la sensibilité à plusieurs médicaments4,6, y compris l'artésunate-amodiaquine et l'artéméther-luméfantrine13. La mutation K76T à pfcrt, ainsi que différents ensembles de mutations à d'autres codons (y compris C72S, M74I, N75E, A220S, Q271E, N326S, I356T et R371I) ont été liés à la résistance à la chloroquine4,6,14. Enfin, l'échec du traitement clinique avec la SP a été lié aux mutations A437G et K540E de la dihydroptéroate synthase (pfdhps) en combinaison avec des mutations triples (N51I + C59R + S108N) de la dihydrofolate réductase (pfdhfr)15. Des mutations supplémentaires de pfdhps (S436A/C/F/H et A581G) ont été suggérées pour augmenter les niveaux de résistance à la SP16.

L'identification des mutations associées à la résistance aux médicaments à partir d'échantillons prélevés de façon routinière peut éclairer les politiques en matière de médicaments et garantir que les interventions utilisent des schémas thérapeutiques appropriés. Depuis le remplacement de la chloroquine par une combinaison d'amodiaquine et de SP pour le traitement du paludisme simple en 2003, les directives nationales de traitement du Mozambique ont subi diverses révisions17. En 2006, l'ACT a été officiellement introduit en adoptant l'artésunate/SP comme traitement de première intention du paludisme à P. falciparum non compliqué. Le changement le plus récent s'est produit en 2009, lorsque le pays a introduit l'artéméther-luméfantrine comme traitement officiel de première intention, avec l'artésunate-amodiaquine comme traitement de secours dans les situations où l'artéméther-luméfantrine est contre-indiqué. Le traitement préventif intermittent pendant la grossesse (TPIp) avec SP a été mis en place pour la première fois dans le pays en 2006 et délivré gratuitement à toutes les femmes enceintes18. En 2014, les lignes directrices nationales ont été mises à jour et mises en œuvre dans tout le pays pour s'adapter à la recommandation de l'Organisation mondiale de la santé ≥3 doses de SP. En 2015, une enquête nationale auprès des ménages a rapporté une couverture nationale du TPIg-SP de 51,4 % pour une dose, 34,2 % pour deux doses et 22,4 % pour ≥3 doses19. Actuellement, le pays pilote l'utilisation de la chimioprophylaxie saisonnière (SP et amodiaquine) et pérenne (SP) du paludisme. Plusieurs études ont rapporté la prévalence des marqueurs moléculaires de la résistance aux antipaludiques au Mozambique14,20,21,22,23, mais il n'y a pas d'analyse complète de leur distribution spatiale et temporelle dans le contexte de la structure génétique globale du parasite. Dans cette étude, nous avons utilisé le séquençage du génome entier et basé sur les amplicons, les approches d'apprentissage automatique et la parenté ainsi que l'analyse de la diversité des microhaplotypes flanquant les pfdhps pour décrire la distribution spatiale et temporelle des marqueurs de résistance aux médicaments antipaludiques, la structure géographique de P. falciparum parasites, et l'histoire évolutive des allèles mutants pfdhps dans des échantillons collectés en 2015 et 2018 dans le sud, le centre et le nord du Mozambique.

Parmi les 2251 échantillons de P. falciparum inclus dans cette étude, le séquençage a produit au moins un génotype associé à la résistance (parmi 11 marqueurs génétiques ciblés) dans 1784 (79%) échantillons (455 de 2015 et 1329 de 2018 ; 308 du Nord, 440 du Central et 1034 du sud du Mozambique ; Fig. 1 et Tableaux supplémentaires 1 à 3). Parmi ces échantillons, 1522 ont été obtenus à partir de cas cliniques de paludisme (études d'efficacité thérapeutique, enquêtes dans les établissements de santé ou surveillance réactive), 200 à partir d'enquêtes communautaires (administration massive de médicaments, enquêtes transversales) et 62 à partir de femmes enceintes lors des premières consultations prénatales. (Tableau supplémentaire 1). Des séquences du génome entier ont été obtenues à partir d'un total de 1452 (64%) échantillons qui ont passé des filtres de qualité.

Les tableaux indiquent le nombre d'échantillons inclus dans l'analyse par province et par année pour chacune des trois principales régions du pays. Les frontières provinciales sont indiquées par des lignes épaisses. Les districts spécifiques fournissant des données pour l'étude sont colorés. Réalisé avec QGIS.

Parmi les 1429 échantillons de P. falciparum génotypés avec succès pour pfkelch13, 1393 étaient entièrement de type sauvage et 36 (2,5%) présentaient un total de 32 mutations non synonymes non associées à la tolérance à l'artémisinine (tableau 1). Une mutation du codon 537 (N537D) a été observée dans un échantillon du sud du Mozambique (2018). Sur les six acides aminés constituant le fond génétique de la résistance à l'artémisinine, seul le pfcrt N326Y a montré une variation, cinq isolats sur 1637 (0,3%) portant un génotype mixte (tableau 2). De même, aucune mutation n'a été observée au niveau du codon 415 du pfexo associé à la résistance à la pipéraquine (n = 1394). Le point critique de la plasmepsine2/3 a été détecté dans 2 (0,4 %) des 524 isolats de P. falciparum (tableau 2).

Mutations aux codons 72 (n = 1655), 74 (n = 1657), 75 (n = 1658), 76 (n = 1656) dans pfcrt, et aux codons 86 (n = 1605), et 1246 dans pfmdr1 (n = 1519) étaient absents ou inférieurs à 5 % (Tableau 2). En revanche, 59% (899/1536) des échantillons testés portaient des mutations au codon 184 (534 mutants purs et 365 génotypes mixtes ; tableaux supplémentaires 4, 5). Aucune différence statistiquement significative n'a été observée dans le portage de cette mutation entre les provinces ou les périodes d'étude (Figure 1 supplémentaire et Tableaux supplémentaires 6 à 8).

Les mutations au niveau des codons 164 dans pfdhfr et 581 et 613 dans pfdhps étaient soit absentes, soit inférieures à 1 % (tableau 2). Des génotypes mixtes ont été observés à des fréquences de 1 à 2 % pour les codons 108, 51 et 59 pfdhfr et de 5 à 11 % pour les codons 437 et 540 pfdhps (tableau supplémentaire 5). Après exclusion de ces génotypes mixtes, la fréquence globale des mutations dans pfdhfr était ≥97 % (97 % dans le codon 51 [1596/1638], 98 % dans le codon 59 [1597/1625] et 99 % dans le codon 108 [1635/1649] ) et ≥ 88 % dans pfdhps (90 % dans le codon 437 [1289/1439] et 88 % dans le codon 540 [1242/1404] ; Tableau supplémentaire 6 et Fig. 2 supplémentaire). Les allèles pfdhfr et pfdhps les plus répandus étaient les triples (S108N/N51I/C59R ; 99 % [1 548/1 600]) et les doubles mutants (A437G/K540E ; 89 % [1 228/1377]), respectivement, avec 87 % (1 155 /1330) de mutants quintuples (tableau supplémentaire 6). La fréquence globale des quintuples mutants est passée de 80 % [234/293] en 2015 à 89 % [921/1037] en 2018 (p < 0,001 ; Fig. 2a–c, Tableau supplémentaire 7 et Données supplémentaires 1), principalement à Cabo Delgado (de 40 à 72 %, p < 0,001) et Gaza (de 90 à 100 %, p < 0,001). Des augmentations similaires ont été observées pour les mutants triple pfdhfr et double pfdhps (p < 0,001). La fréquence des quintuples mutants a augmenté du nord au sud, aussi bien en 2015 (40 % à Cabo Delgado vs 93 % à Maputo ; p < 0,001) qu'en 2018 (72 % à Cabo Delgado vs 95 % à Maputo ; p < 0,001), principalement entraîné par des différences dans les doubles mutants pfdhps (Fig. 2a – c). L'analyse de régression logistique multivariée a montré que la région (nord, centre et sud) et la période (2015 et 2018) étaient indépendamment associées à l'abondance relative des mutations pfdhfr/dhps, qui a augmenté du nord au sud et de 2015 à 2018 (tableau supplémentaire 8).

Fréquence des isolats de P. falciparum porteurs de mutations triples dans pfdhfr (a), de mutations doubles dans pfdhps (b) et de mutations quintuples dans pfdhfr/phdhps (c) en 2015 et 2018 dans sept provinces du Mozambique. Pour l'haplotype pfdhps 436/437/540 (d), les fréquences des différentes combinaisons alléliques sont indiquées (n = 1365). Les fréquences ont été calculées après exclusion des génotypes mixtes. Les données de Sofala n'étaient disponibles que pour 2015, et d'Inhambane et de Zambézia pour 2018. Les barres d'erreur représentent un intervalle de confiance à 95 % pour la proportion de la population.

La distribution des mutations au niveau du codon 436 (S436C/A/H/F) dans pfdhps avait un schéma géographique très marqué (Fig. 2d et données supplémentaires 1). Après exclusion des génotypes mixtes, des mutations à 436 ont été observées dans 17 % (40/232 ; C dans 6, F dans 5, H dans 4 et A dans 25) des isolats obtenus à Cabo Delgado, mais seulement dans 0,6 % (8 /1307) des isolats du reste du pays, et jamais en combinaison avec une double mutation 437/540 (tableau supplémentaire 9). Par conséquent, trois haplotypes différents de pfdhps ont été observés à Cabo Delgado : triple type sauvage (S436/A437/K540 ; 26/203 [13 %]), mutant au codon 436 mais type sauvage aux codons 437 et 540 (37/203 [ 18 %]), et de type sauvage au codon 436 mais mutant aux codons 437 et 540 (S436/A437G/K540E ; 139/203 [68 %]). En revanche, l'haplotype S436/A437G/K540E était prédominant dans le reste du pays (1089/1162 [94%] ; Tableau supplémentaire 9). Aucun changement dans la fréquence des mutations du codon 436 n'a été observé entre les périodes d'étude (p = 0,371 ; tableau supplémentaire 8).

Un total de 8722 locus de microhaplotypes ont été reconstruits par assemblage local à partir de 1438 échantillons qui ont produit des séquences de génome entier. Parmi ceux-ci, 349 échantillons contenaient des données pour moins de 50% de tous les locus microhaplotypes (Fig. 3a supplémentaire) et ont donc été exclus. L'hétérozygotie médiane attendue (He) des 8722 microhaplotypes des 1089 échantillons avec des données pour plus de 50% des microhaplotypes était de 0,312 (intervalle interquartile [IQR] : 0,196–0,498). Vingt-quatre pour cent des microhaplotypes avaient une hétérozygotie attendue élevée (He> 0, 5) dans la population de parasites analysée, et 366 avaient He> 0, 75 (Fig. 3a et données supplémentaires 1).

Des microhaplotypes de régions de 150 à 300 pb de longueur entre de longues répétitions en tandem ont été reconstruits à partir de séquences génomiques entières et utilisés pour tester la structure géographique des parasites P. falciparum. a Distribution de l'hétérozygotie attendue aux 8722 loci microhaplotypes extraits de séquences génomiques entières. L'axe des ordonnées représente le nombre de loci microhaplotypes pour une hétérozygotie attendue donnée. La ligne rouge marque le centile à 75 % de la distribution ; les 25 % des locus les plus divers ont été pris en compte pour l'analyse de la structure de la population. b Emplacements chromosomiques des 155 microhaplotypes les plus importants, qui contribuent au modèle de classification géographique (Nord-Centre-Sud). c Analyse des coordonnées principales avec des échantillons regroupés en régions (nord-centre-sud ; n = 1089), en tenant compte des microhaplotypes aux loci avec une hétérozygotie attendue dans le centile supérieur de 25 %. d Analyse des coordonnées principales avec des échantillons regroupés en régions en tenant compte des 155 meilleurs microhaplotypes, avec un taux d'erreur de classification hors sac de 24,89 %. e, f Complexité de l'infection (COI) pour des échantillons dans différentes régions du Mozambique en 2015 (e) et 2018 (f), comme indiqué par le nombre de clones génétiquement distincts. Affectation régionale des échantillons : Nord : C. Delgado ; Centre : Sofala, Tete et Zambézia ; Sud : Gaza, Inhambane et Maputo.

Les 25 % de locus de microhaplotypes les plus diversifiés (n = 2181) ont été évalués comme prédicteurs de la classification géographique à l'aide d'une analyse forestière aléatoire aux niveaux provincial et régional. Le modèle n'a pas réussi à classer les échantillons au niveau de la province (taux d'erreur hors sac = 50,51 %). Cependant, le taux d'erreur hors sac était de 24,89 % au niveau régional (Nord-Centre-Sud ; Fig. 3c, d et Tableau supplémentaire 10). Le taux d'erreur hors sac le plus bas a été observé lors de la classification des échantillons du Nord et du Sud (8 %), et des taux plus élevés lorsque les échantillons de la région centrale ont été pris en compte (15,26 % pour le Centre-Sud et 36,79 % pour le Nord-Centre ; Fig. 4). La suppression de 155 microhaplotypes a entraîné une perte de précision du modèle dans la prédiction de la classification régionale en dessous du point d'inflexion de la distribution de la diminution moyenne de la précision (Fig. 3b supplémentaire), et a donc été considérée comme la plus pertinente. Trente et un pour cent de ces microhaplotypes étaient situés sur le chromosome 6, suivis de pourcentages inférieurs à 10 % dans le reste des chromosomes (Fig. 3b et données supplémentaires 1).

La complexité globale intra-hôte des infections à P. falciparum, calculée à partir des 100 microhaplotypes avec le He le plus élevé, était de 2 (IQR [1,2]) avec une prévalence de 47% (517/1090) d'infections monogénomiques. La complexité de l'infection (COI) et la prévalence des infections monoclonales en 2015 étaient similaires dans les trois régions du Mozambique (p = 0,801 et p = 0,507, respectivement). Cependant, le COI médian en 2018 différait entre les trois régions (p < 0,001), avec les valeurs les plus faibles dans le sud (1, IQR [1,2]), suivi du centre (2, IQR [1,2]) et nord (2, IQR [1,3]). Des tendances similaires ont été observées dans la prévalence des infections monogénomiques (51 % dans le sud, 46 % dans le centre et 35 % dans le nord ; p = 0,005 ; Fig. 3e, f, Tableaux supplémentaires 8, 11 et Données supplémentaires 1 ).

Les microhaplotypes flanquant pfdhps ont été utilisés pour déduire l'histoire évolutive des allèles mutants à Cabo Delgado, comme dans le reste des provinces, les doubles mutants avaient presque atteint la fixation (fréquences entre 80 et 100%). Seize microhaplotypes étaient contenus dans une région de 50 kb autour du gène pfdhps, 15 d'entre eux dans huit gènes et un intergénique (Fig. 5 supplémentaire). Ces microhaplotypes flanquants séparaient les parasites porteurs de l'haplotype mutant double pfdhps (toujours accompagné d'un codon 436 de type sauvage) du reste des parasites (Fig. 4a, b et Données supplémentaires 1). La région de 50 kb flanquant pfdhps était plus similaire parmi les doubles mutants pfdhps (n = 92 ; identité médiane par état [IBS] = 0,88, IQR [0,81–0,91]) que parmi les doubles de type sauvage (n = 51, médian IBS = 0,68, IQR [0,62–0,76] ; p < 0,001 ; Fig. 6 supplémentaire). De même, l'He des microhaplotypes flanquant pfdhps était 60 % plus faible chez les doubles mutants (médiane = 0,1, IQR[0,04–0,26]) que chez les allèles de type sauvage (médiane = 0,34, IQR[0,21–0,41] ; p = 0,016 ; Fig. .4c, tableau supplémentaire 12 et données supplémentaires 1), conformément à la sélection récente.

L'identification par état (IBS) et l'hétérozygotie attendue (He) ont été calculées à l'aide de 16 microhaplotypes flanquant pfdhps pour évaluer l'histoire évolutive des allèles mutants pfdhps au Mozambique. a Heatmap de la matrice IBS inter-sous-population parmi les allèles dhps à Cabo Delgado observés en 2015 et 2018 (type sauvage dans les codons 436, 437 et 540 [WT/WT/WT] : n = 20 ; mutant dans le codon 436 mais de type sauvage dans les codons 437 et 540 [MUT/WT/WT] : n = 31 ; de type sauvage dans le codon 436 mais mutant dans les codons 437 et 540 [WT/MUT/MUT] : n = 92). Seize microhaplotypes dans une région de 50 kb autour de pfdhps ont été utilisés pour calculer l'IBS par paires entre les échantillons. b Voisin stochastique à distribution t intégrant la visualisation après 10 000 itérations et c Hétérozygotie attendue calculée à partir des 16 locus microhaplotypes dans une région de 50 kb autour de pfdhps chez les parasites collectés à Cabo Delgado. Valeurs He médianes et interquartiles (IQR) : 0,1, IQR (0,04–0,26) pour les doubles mutants ; 0,37, IQR (0,2–0,47) pour WT/WT/WT ; et 0,28, IQR (0,13–0,4) pour MUT/WT/WT. Les charnières inférieure, médiane et supérieure du rectangle correspondent respectivement au quantile 25 %, à la médiane et au quantile 75 % de la distribution.

Cette étude fournit une résolution à l'échelle nationale des marqueurs de P. falciparum de la résistance aux antipaludiques et de la structure génétique au Mozambique qui peuvent être utilisés pour éclairer l'utilisation des antipaludiques pour le traitement et la chimioprévention ainsi que pour étudier l'impact des interventions futures. Les données génomiques fournissent la preuve que : (1) bien que des mutations non synonymes aient été observées dans pfkelch13, aucune d'entre elles n'a été associée à la tolérance à l'artémisinine ; (2) les variants génétiques associés à la résistance à la pipéraquine et à la chloroquine étaient rares en 2018 ; (2) en revanche, la fréquence des mutations pfdhfr/dhps a augmenté du nord au sud, atteignant presque la fixation dans la province de Maputo ; et (3) cette tendance spatiale s'est accompagnée d'une réduction vers le sud de la complexité génétique des infections à P. falciparum et d'un signal de différenciation géographique qui permet une séparation régionale basée sur des microhaplotypes très diversifiés.

L'haplotype pfkelch13 de type sauvage, sensible à l'artémisinine, prédominait dans la population de parasites étudiée au Mozambique, et aucune des variantes validées résistantes à l'artémisinine n'a été détectée6. Cependant, un ensemble de 32 mutations non synonymes rares ont été identifiées, similaires aux résultats d'autres études en Afrique24. Parmi eux, la mutation N537D, qui a été signalée comme potentiellement associée à une clairance retardée24, a été détectée dans un échantillon, tandis que A578S, la mutation pfkelch13 la plus prédominante chez les parasites P. falciparum d'origine africaine24 mais non associée à une tolérance à l'artémisinine, a été trouvée dans quatre des 1429 échantillons génotypés. Les mutations de fond trouvées pour anticiper l'émergence de mutations pfkelch13 en Asie du Sud-Est8 n'ont pas été détectées dans cette étude. De même, il n'existe aucune preuve solide de polymorphismes associés à la résistance aux médicaments partenaires ACT. Seuls 0,4 % des échantillons analysés ont montré des signes de résistance à la pipéraquine, sur la base de l'analyse du point de rupture à l'extrémité distale de la plasmepsine 325 associée aux duplications de la plasmepsine 2/3 et au polymorphisme d'un seul nucléotide au codon 415 du gène putatif de l'exonucléase12. Ceci est en accord avec une étude précédente au Mozambique qui a trouvé de multiples copies de plasmepsine 2 dans 1,1% des échantillons analysés21. Des mutations du codon 86 de pfmdr1, associées à une résistance à l'amodiaquine et à une sensibilité accrue à la luméfantrine26,27, ont été détectées dans 11 des 1605 échantillons analysés. Cinquante-neuf pour cent des parasites portaient la variante 184 F pfmdr1, bien que cette mutation semble avoir une association plus faible avec l'efficacité antipaludique in vivo28,29 et in vitro26. Cependant, les marqueurs pfmdr1 doivent être considérés avec prudence, en raison d'associations incohérentes avec la résistance aux médicaments des partenaires ACT30, soulignant que des marqueurs moléculaires robustes associés à l'amodiaquine et à la luméfantrine font toujours défaut.

La présente étude a révélé un processus évolutif agissant sur les marqueurs moléculaires de la résistance à la SP. Dans l'ensemble, une fréquence élevée d'haplotypes triple pfdhfr (99%), double pfdhps (89%) et quintuple mutant (87%) a été observée, qui a augmenté de 2015 à 2018 et du nord au sud. Les microhaplotypes dans la région de 50 kb autour des allèles mutants pfdhps étaient plus similaires (IBS plus élevé) et moins diversifiés (hétérozygotie attendue plus faible) qu'autour de l'allèle de type sauvage, suggérant une expansion récente de la population de doubles mutants dans le pays31. Les hétérogénéités géographiques dans la prévalence des aleles pfdhfr/dhps se sont accompagnées d'une distribution différente de la mutation pfdhps-436, qui n'a été détectée que dans le nord du pays (Cabo Delgado) à une fréquence de 17 % et jamais en combinaison avec le double 437 et 540 haplotypes mutants. Des changements au niveau du codon 436 ont été associés à des niveaux plus élevés de résistance à la SP in vitro32, bien que les preuves de résistance in vivo soient moins claires33. L'augmentation des mutations pfdhps du nord au sud s'est également accompagnée d'une réduction du nombre de souches de parasites génétiquement distinctes infectant un individu, indiquant une diminution de l'intensité de la transmission du paludisme34. Enfin, le schéma mutationnel pfdhps coïncidait également avec une séparation régionale de la population de parasites basée sur des microhaplotypes très divers, suggérant une structuration géographique. La distance géographique, les barrières dans le flux de gènes à travers les régions et les différences dans la couverture des interventions antipaludiques35 en raison de la répartition inégale des ressources et des problèmes de sécurité, pourraient avoir contribué à la différenciation régionale des microhaplotypes, ce qui pourrait avoir affecté les schémas géographiques observés dans les marqueurs moléculaires. de la résistance SP. Cependant, on ne sait toujours pas quelles forces sélectives ont alimenté la propagation des mutants pfdhfr/dhps en l'absence de son utilisation à grande échelle, car le Mozambique a abandonné la SP pour la prise en charge clinique en 2009. Mécanismes compensatoires qui réduisent le coût d'aptitude à la mutation36 ou un pool insuffisant des parasites sensibles à la récupération de carburant37, peuvent avoir contribué à l'augmentation des mutants pfdhfr/pfdhps en l'absence de pression médicamenteuse SP. Cependant, ceux-ci n'étaient pas des facteurs limitants pour la récupération de la sensibilité à la chloroquine au Mozambique où les mutations de pfcrt étaient presque fixées38. La contribution à la pression médicamenteuse de la SP pour le TPIp ou d'autres médicaments tels que le cotrimoxazole39,40 est susceptible d'être faible, car les populations ciblées ne représentent qu'une petite partie de la population globale du Mozambique à un moment donné. Enfin, des niveaux plus faibles d'immunité antipaludique et de recombinaison sexuelle pour dissocier les haplotypes de résistance peuvent également avoir contribué au portage plus élevé de marqueurs moléculaires de la résistance à la SP dans le sud du Mozambique, où la transmission du paludisme est la plus faible41. Bien que ces schémas semblent cohérents avec la sélection directionnelle due à la pression de la drogue, la nature de l'étude ne permet pas d'écarter d'autres facteurs, tels que l'impact régional des politiques antidrogue des pays voisins42.

Les résultats de cette étude ont plusieurs implications pour la santé publique. Premièrement, toutes les données d'efficacité in vivo disponibles7,43,44 et l'absence de mutations kelch13 validées en 2018 suggèrent l'efficacité appropriée de l'artémisinine pour le traitement de P. falciparum et la réduction de la transmission du paludisme au Mozambique. Cependant, le large éventail de mutations non synonymes rares qui ont été détectées pourrait potentiellement fournir un réservoir profond de variations pour l'émergence de la tolérance à l'artémisinine45, comme cela a été récemment rapporté au Rwanda et en Ouganda9,11. Deuxièmement, l'absence de mutations au niveau du codon 415 de pfexo et la faible prévalence de points de rupture de la plasmepsine2/3 détectés (0,4 %) suggèrent la performance appropriée de la pipéraquine en tant que médicament partenaire de l'ACT. Cependant, l'amplification du gène plasmpesin2/3 doit être étroitement surveillée, étant donné l'émergence et la propagation rapides de la résistance à la pipéraquine en Asie du Sud-Est, entraînant des taux d'échec thérapeutique élevés après un traitement à la dihydroartémisinine-pipéraquine12. Troisièmement, les données rassurent sur l'utilisation de la SP pour la chimioprévention malgré le portage élevé de mutants quintuples pfdhps et pfdhfr, en raison du manque de preuves d'une relation entre les marqueurs moléculaires et l'efficacité chimiopréventive5,46. De plus, la mutation pfdhps A581G, qui a été suggérée pour réduire l'efficacité chimiopréventive de la SP chez les nourrissons et les femmes enceintes47,48,49, n'a été détectée que dans trois des 1490 (0,2%) échantillons qui ont été analysés, soutenant ainsi l'utilisation continue de SP pour le TPIp au Mozambique. De même, l'efficacité de l'amodiaquine est susceptible de rester suffisamment élevée pour la chimioprévention du paludisme saisonnier en raison de la très faible prévalence des mutations 72–76 dans pfcrt et de l'haplotype 86Y–184Y de pfmdr1, suggéré comme étant nécessaire pour une résistance cliniquement pertinente à l'amodiaquine en Afrique50,51 . Quatrièmement, la très faible prévalence (0,6 %) des marqueurs de résistance à la chloroquine chez les pfcrt et la preuve d'un retour de son efficacité thérapeutique au Mozambique38, ainsi que son activité chimioprophylactique et son profil d'innocuité, suggèrent que la chloroquine pourrait jouer un rôle, à elle seule ou en combinaison avec d'autres médicaments ou outils, pour la chimioprévention au niveau de la population ou pour les populations actuellement non protégées telles que les femmes enceintes au premier trimestre52. Cinquièmement, les microhaplotypes indicatifs de la structure régionale de la population peuvent être utiles pour identifier le flux de parasites à grande échelle ou l'attribution de l'origine géographique au Mozambique. Cependant, l'absence d'une structure de population plus fine au niveau de la province peut imposer certaines limites à cette approche, qui pourrait être mieux évaluée en tirant parti des différences de parenté par paires des parasites par opposition à la différenciation régionale des fréquences d'allèles53,54. Ces microhaplotyes très divers peuvent également être utiles pour développer des mesures de diversité génétique des parasites pour détecter les changements dans l'intensité de la transmission et surveiller l'efficacité des interventions antipaludiques34. Sixièmement, cette étude montre également l'utilité de l'analyse secondaire d'échantillons de sang provenant d'autres études pour décrire les modèles moléculaires d'intérêt pour la surveillance. Et enfin, l'hétérogénéité des marqueurs moléculaires de la résistance antipaludique au Mozambique souligne la nécessité de faire preuve de prudence lors de l'extrapolation des résultats de l'enquête à partir d'un seul endroit.

L'étude comporte plusieurs limites. Premièrement, les taches de sang séché qui ont été évaluées représentent un échantillon de commodité obtenu à partir de différentes études, entraînant des hétérogénéités dans l'âge, l'état clinique des individus et les intensités de transmission qui pourraient affecter le niveau d'immunité et la prise de traitement. Bien que des travaux supplémentaires soient nécessaires pour quantifier l'impact de ces facteurs, ces hétérogénéités représentent celles que l'on peut trouver dans un pays comme le Mozambique, où la transmission du paludisme varie d'un fardeau très élevé dans le nord à très faible dans le sud. Deuxièmement, l'exclusion des infections mixtes résistantes au type sauvage pour calculer la fréquence des haplotypes de résistance peut biaiser les estimations de résistance55. Troisièmement, les forces sélectives autres que celles entraînées par l'utilisation d'antipaludiques ne peuvent être écartées, car les signaux de sélection récente ont été déduits à l'aide de microhaplotypes dans la région de 50 kb autour de pfdhps qui chevauchent les régions codantes d'autres gènes. Enfin, la prudence s'impose lorsqu'il s'agit de déduire le traitement et l'efficacité chimiopréventive d'un antipaludique, qui dépendent de facteurs autres que la sensibilité parasitaire intrinsèque, tels que l'immunité acquise par le patient, la biomasse parasitaire initiale, l'observance du traitement, la posologie, la qualité du médicament et la pharmacocinétique6. Cependant, les informations sur les marqueurs moléculaires jouent un rôle important dans le suivi de la résistance et devraient être exploitées pour détecter les signaux d'alerte précoce56. La combinaison d'études d'efficacité de la chimioprévention57 avec le suivi des mutations pfdhps est nécessaire pour évaluer les stratégies de chimioprévention basées sur la SP.

En conclusion, ce rapport montre des signaux génétiques nord-sud de l'augmentation des fabricants moléculaires de la résistance à la SP, de la diminution de la complexité génétique des infections et de la différenciation géographique au Mozambique. Cependant, la très faible prévalence de 581 mutations dans pfdhps rassure sur le rôle de la SP pour la chimioprévention au Mozambique. De même, aucun signal moléculaire de tolérance à l'artémisinine n'a été observé au Mozambique. Ces résultats fournissent des données de base pour étudier l'évolution des parasites P. falciparum en réponse à l'évolution des directives nationales de traitement du paludisme. De plus, ces résultats incitent à l'intégration de systèmes de surveillance moléculaire avec des études d'efficacité de traitement et de chimioprévention pour suivre l'émergence et l'expansion de la résistance aux médicaments au Mozambique. Pour y parvenir, il est nécessaire de remédier aux inefficacités des efforts d'échantillonnage et de séquençage, ainsi que d'un soutien financier et d'une utilisation appropriée des données générées, afin d'assurer la pérennité des programmes de surveillance moléculaire du paludisme58.

Cette étude a analysé 2251 échantillons collectés en 2015 (n = 724) et 2018 (n = 1527) dans 40 districts de sept provinces du Mozambique (tableaux supplémentaires 1, 2) : un dans la région nord (Cabo Delgado), trois au centre région (Zambézia, Sofala et Tete) et trois dans le sud (Gaza, Inhambane et Maputo ; Fig. 1). Des gouttes de sang séché ont été prélevées sur des individus infectés par P. falciparum identifiés au cours de six études d'observation et essais cliniques sur le paludisme menés en 2015 et 20187,43,59,60,61. En 2018, deux études d'enquête sur les établissements de santé ont recruté des personnes fréquentant les services ambulatoires à Maputo, Zambézia, Cabo Delgado, Inhambane et Gaza (tous âges)59,60. Des échantillons provenant de deux autres études d'efficacité thérapeutique incluaient des enfants de moins de 5 ans atteints de paludisme confirmé (par des tests de diagnostic rapide) à Cabo Delgado, Tete, Sofala et la province de Gaza en 201543 et à Cabo Delgado, Tete, Zambézia et Inhambane en 20187 ). Dans la cinquième étude, tous les individus d'âge avec un test de diagnostic rapide positif au paludisme ont été identifiés grâce à des enquêtes transversales communautaires dans la province de Maputo (2015 et 2018)61, y compris une zone de projet d'élimination du paludisme61, qui a collecté des échantillons auprès de personnes participant à campagnes d'administration massive de médicaments et surveillance réactive dans le district de Magude. Enfin, dans la sixième étude, les femmes enceintes lors de leur première visite de soins prénatals avec une infection à P. falciparum confirmée par PCR quantitative en temps réel ont été identifiées grâce à des enquêtes de soins prénatals menées dans la province de Maputo (2018)62. Les sites d'échantillonnage basés sur les établissements de santé étaient des centres de santé de district ou de sous-district ou des hôpitaux provinciaux, sélectionnés par le Centro de Investigação em Saúde de Manhiça (CISM) ou le Programme national de lutte contre le paludisme en fonction de leurs besoins en matière de santé publique ou de recherche, tandis que les enquêtes transversales étaient communautaires. et les participants ont été sélectionnés au hasard. De plus amples informations sur l'échantillonnage pour chaque étude sont disponibles dans les publications associées. Avant d'administrer le traitement, 50 μL de gouttes de sang séché sur du papier filtre ont été obtenues de chaque patient par piqûre au doigt, identifiées avec des codes-barres anonymes et stockées à 4 ° C avec du gel de silice.

Les données cliniques et démographiques et les échantillons de sang n'ont été recueillis qu'après avoir fourni le consentement éclairé écrit et l'assentiment de tous les participants, ou d'un adulte accompagnateur, s'il était âgé de moins de 18 ans. Tous les protocoles d'étude ont été approuvés par le Comité national mozambicain de bioéthique en santé. La recherche a inclus des chercheurs locaux tout au long du processus de recherche, y compris la conception de l'étude, la mise en œuvre de l'étude, la propriété des données, la propriété intellectuelle et la paternité de la publication. La recherche est pertinente au niveau local, comme déterminé en collaboration avec des partenaires locaux, qui ont convenu de l'importance de la surveillance moléculaire du paludisme. Les rôles et les responsabilités ont été convenus entre les collaborateurs avant la mise en œuvre des activités de recherche. Une attention particulière a été accordée au renforcement des capacités des chercheurs locaux sur les outils génomiques et bioinformatiques pour la surveillance moléculaire.

L'ADN a été extrait d'échantillons au laboratoire MalariaGEN du Wellcome Sanger Institute, Hinxton, Royaume-Uni, à l'aide d'un équipement robotique à haut débit (Qiagen QIAsymphony)63. L'ADN du parasite a été amplifié en appliquant une amplification sélective du génome entier et le génotypage a été réalisé par la plateforme SpotMalaria63. En bref, une première PCR a été réalisée pour générer des amplicons d'intérêt de 190 à 250 pb dans le génome du parasite à l'aide d'amorces multiplexées spécifiques au locus, suivie d'une seconde PCR pour incorporer des adaptateurs de multiplexage uniques au niveau de l'échantillon et du pool d'amorces. Après avoir séquencé plusieurs échantillons sur une seule voie MiSeq, les séquences ont été déplexées à l'aide des ID d'adaptateur de multiplexage uniques et alignées sur un génome de référence d'amplicon P. falciparum modifié. Les génotypes ont été appelés pour chaque variante analysée à l'aide de bcftools et de scripts personnalisés63, à savoir : pfkelch13 (toute mutation dans les codons 349 à 726 correspondant aux domaines BTB/POZ et propeller)64, pfdhfr (codons 51, 59, 108, 164)15, pfdhps ( codons 436, 437, 540, 581, 613)16, pfcrt (codons 72, 73, 74, 75, 76)4,6,14, pfexo (codon 415)12, pfmdr1 (codons 86, 184, 1246)13, et fond génétique de résistance à l'artémisinine (codons 127, 128 dans pfarps10, 193 dans pffd, 326, 356 dans pfcrt et 484 dans pfmdr2)8. Un test conçu pour détecter le point de rupture dans l'extrémité distale de la plasmepsine 3 qui comprend la duplication complète du gène de la plasmepsine 2 (point de rupture de la plasmepsine 2/3) a été utilisé pour détecter la séquence hybride créée à la suite de la duplication de la plasmepsine 2/325.

Des échantillons de P. falciparum ont également été séquencés du génome entier au Wellcome Sanger Institute et à l'Université de Californie à San Francisco. En bref, de courtes lectures de séquences (200 pb) ont été générées sur la plateforme Illumina HiSeqX du Wellcome Sanger Institute65. À l'Université de Californie à San Francisco, les bibliothèques à code-barres préparées à l'aide du kit de préparation de bibliothèque d'ADN NEBNext Ultra II après amplification sélective du génome entier66 ont été regroupées et séquencées sur le système Illumina NovaSeq 6000 à l'aide d'un séquençage apparié de 150 pb. Les lectures ont été filtrées pour une qualité minimale par base de 20. Les appels de variantes ont été générés en exécutant un programme de pileup personnalisé et filtrés pour avoir une profondeur de lecture minimale de 10 et une fréquence minimale dans l'échantillon de 5 %, qui ont été générés en utilisant l'ensemble sélectif. le contrôle de l'amplification du génome s'exécute sur des souches de laboratoire connues pour supprimer tous les appels de faux variants.

L'analyse visait à décrire la distribution spatiale et temporelle des marqueurs de résistance aux médicaments antipaludiques, la structure géographique des parasites P. falciparum et l'histoire évolutive des allèles mutants pfdhps. La fréquence des infections porteuses de parasites avec des marqueurs de résistance antipaludique a été estimée au niveau de la province, sur la base du lieu et de l'année d'échantillonnage. Pour chaque codon, les échantillons ont été classés comme de type sauvage, mutant ou mixte si les allèles de type sauvage et mutant étaient détectés ou manquants si les échantillons ne produisaient pas de génotype valide. Les échantillons sans génotypes mixtes ont été conservés pour la reconstruction de l'haplotype et l'analyse statistique en aval. Un outil de reconstruction d'haplotype local (Pathweaver67) a été utilisé pour extraire des microhaplotypes de régions de 150 à 300 pb de longueur entre de longues répétitions en tandem. Les microhaplotypes ont été sélectionnés pour ne contenir aucun homopolymère/répétition de dinucléotide de plus de 10 pb ou de variation de longueur >3 pb, avec au moins deux polymorphismes nucléotidiques simples60. Les échantillons avec plus de 50 % de loci microhaplotypes manquants ont été exclus des analyses ultérieures.

L'hétérozygotie attendue (He) à un locus a été calculée à l'aide du code R personnalisé comme \({{{{{{\rm{H}}}}}}}_{{{{{{\rm{e}}}}} }}=[\frac{n}{n-1}][1-\sum {p}^{2}]\) (équation 1), où n est le nombre d'échantillons et p est la fréquence allélique de chaque allèle microhaplotype au locus. La variance de He a été calculée selon la formule : \(2(n-1)/{n}^{3}\{2(n-2)[\sum {\left(\right.{p}^{ 3}-(\sum {p}^{2})}^{2}]\}\) (équation 2). La complexité intra-hôte des infections à P. falciparum a été calculée à l'aide d'une chaîne de Markov Monte Carlo 100 microhaplotypes avec le He le plus élevé (paquet R MOIRE, https://github.com/EPPIcenter/moire). Les infections monogénomiques ont été prises en compte lorsque la complexité de l'infection était de 1. La structure géographique a été testée à l'aide de la classification Random Forest68 (paquet R randomForest, avec ntree = 2500) sur les microhaplotypes avec He dans le 25 centile supérieur comme prédicteurs et l'emplacement géographique (province et région) comme résultat. Des ensembles de données de formation équilibrés (représentant 75 % des données) ont été utilisés pour les tests initiaux, et des ensembles de données de test ( les 25 % de données restantes) ont été utilisés pour calculer le taux d'erreur hors sac du modèle de classification. Un taux d'erreur hors sac inférieur à 25 % a été considéré comme une classification raisonnablement bonne. La visualisation de la classification a été effectuée par une analyse en coordonnées principales de la matrice de proximité. Des microhaplotypes dans la région de 50 kb flanquant pfdhps ont été utilisés pour déduire les histoires évolutives des allèles mutants. La structure de la population a été visualisée à l'aide de l'incorporation de voisins stochastiques à distribution t, qui considère la présence/l'absence de microhaplotype calculée avec le package R Rtsne avec 10 000 itérations. La parenté entre les échantillons a été évaluée par l'IBS par paires calculé comme \(\frac{1}{n}\mathop{\sum }\limits_{i=1}^{n}{Si}/{XiYi}\) (équation 3) , où n est le nombre de locus, Si est le nombre d'allèles microhaplotypes partagés par les échantillons au locus i, et Xi et Yi sont le nombre d'allèles microhaplotypes au locus i des échantillons X et Y respectivement. Le test du chi carré et les modèles de régression logistique ont été utilisés pour comparer les fréquences des marqueurs de résistance entre les régions et les périodes d'étude. Les différences de He entre les haplotypes pfdhps au niveau de loci microhaplotypes individuels ont été testées par un test de permutation qui mélangeait au hasard les étiquettes des sous-populations 1000 fois à chaque locus microhaplotype69. Le test de somme des rangs de Kruskal-Wallis a été utilisé pour la comparaison de la distribution de He et IBS entre les populations, avec le test de Dunn et la correction de Bonferroni pour les tests multiples dans les comparaisons par paires.

Cette étude a analysé 2251 échantillons prélevés dans 40 districts de sept provinces du Mozambique. Parmi ceux-ci, le séquençage a produit au moins un génotype associé à la résistance dans 1784 échantillons, qui ont été inclus pour l'analyse statistique. Des séquences du génome entier ont été obtenues à partir d'un total de 1452 échantillons qui ont passé des filtres de qualité. Les analyses statistiques ont été effectuées dans Stata version 15.0 et R version 4.1.2. Toutes les valeurs p signalées sont bilatérales et une valeur p inférieure à 0,05 a été considérée comme indiquant une signification statistique.

De plus amples informations sur la conception de la recherche sont disponibles dans le résumé des rapports sur le portefeuille Nature lié à cet article.

Les séquences ont été déposées dans l'European Nucleotide Archive (ENA) sous le nom de projet PRJEB2136 et dans la Sequence Read Archive (SRA) sous BioProject ID PRJNA910151. Un ensemble de données anonymisé et restreint peut être fourni sur demande approuvée après l'achèvement d'un accord d'utilisation des données par e-mail à l'auteur correspondant. Les données sources pour tous les graphiques sont fournies dans les données supplémentaires 1 et Figshare (https://figshare.com/s/1920d5bad8268218b480 [Fig. 3c] et https://figshare.com/s/464a6825e09691aec654 [Fig. 3d]).

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Un merci spécial aux participants à l'étude qui ont fait don d'échantillons de sang pour l'analyse moléculaire, ainsi qu'aux cliniciens et aux infirmières qui ont aidé à la collecte des données et des échantillons. Ce travail a été soutenu par la Fondation Bill et Melinda Gates (INV-019032 et OPP1132226), l'Institut national de la santé (1R01AI123050), le Departament d'Universitats i Recerca de la Generalitat de Catalunya (AGAUR; 2021SGR01517 et 2022FIB00148 bourse pour SB) , Ministerio de Ciencia e Innovación en Espagne (PID2020-118328RB-I00), le programme de recherche et d'innovation Horizon 2020 de l'Union européenne dans le cadre de Marie Skłodowska-Curie (subvention 890477) et l'Agence américaine pour le développement international par le biais de l'Initiative présidentielle américaine contre le paludisme. Le CISM est soutenu par le gouvernement du Mozambique et l'Agence espagnole pour le développement international (AECID). Nous reconnaissons également le soutien de la subvention CEX2018-000806-S financée par MCIN/AEI/ 10.13039/501100011033 et le soutien de la Generalitat de Catalunya à travers le programme CERCA. Cette recherche fait partie du programme d'ISGlobal sur les mécanismes moléculaires du paludisme, qui est partiellement soutenu par la Fundación Ramón Areces. Cette publication utilise les données du projet MalariaGEN SpotMalaria comme décrit dans 'Jacob CG et al.; Surveillance génétique dans la sous-région du Grand Mékong et en Asie du Sud pour soutenir le contrôle et l'élimination du paludisme ; eLife 2021;10:e62997 https://doi.org/10.7554/eLife.62997. Le projet SpotMalaria est coordonné par le centre de ressources MalariaGEN avec un financement de Wellcome (206194, 090770). Les auteurs tiennent à remercier le personnel des équipes de gestion des échantillons, de génotypage, de séquençage et d'informatique du Wellcome Sanger Institute, ainsi que le personnel du laboratoire et du département clinique du CISM et de l'ISGlobal pour leur contribution. Des données de séquençage du génome entier ont également été produites par le Chan Zuckerberg Biohub (CZB) grâce au rôle de BG en tant qu'enquêteur CZB, avec le soutien très utile de Norma Neff et du reste de l'équipe de génomique CZB. Les résultats et les conclusions de ce rapport sont ceux des auteurs et ne représentent pas nécessairement le codon officiel des Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis ou de l'Agence américaine pour le développement international. Les bailleurs de fonds n'ont joué aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte des données, l'analyse des données, l'interprétation des données ou la rédaction de ce manuscrit. L'auteur correspondant avait un accès complet à toutes les données de l'étude et avait la responsabilité finale de la décision de soumettre pour publication.

Ces auteurs ont contribué à parts égales : Clemente da Silva, Simone Boene.

Centre de recherche en santé de Manhiça (CISM), Maputo, Mozambique

Clement da Silva, Simone Boene, Arlindo Chidimatembue, Gloria Matambisso, Abel Nhama, Eusebio Macete, Lydia Nhamussua, Beatrice Galatas, Peter L. Alonso, Peter Aide, Francisco Saute & Alfredo Mayor

ISGlobal, Hospital Clínic – Université de Barcelone, Barcelone, Espagne

Debayan Datta, Eduard Rovira-Vallbona, Pau Cisteró, Arnau Pujol, Beatriz Galatas, Caterina Guinovart & Alfredo Mayor

Programme de recherche EPPIcenter, Division du VIH, de l'identification et de la médecine mondiale, Département de médecine, Université de Californie, San Francisco, Californie, États-Unis

Andrew Aranda-Diaz, Zephaniah Tessema et Bryan Greenhouse

Chan Zuckerberg Biohub, San Francisco, Californie, États-Unis

Andrés Aranda-Diaz

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Nicolas Hathaway

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Abel Nhama, Sonia Enosse & Peter Aide

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Initiative d'accès à la santé de Clinton, Maputo, Mozambique

James Colborn

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Rose Zulliger

Initiative du président américain contre le paludisme, USAID, Maputo, Mozambique

Abuchahama Saifodine

Clinique Hospitalière-Université de Barcelone, Barcelone, Espagne

Pedro L. Alonso

Programme national de lutte contre le paludisme, Ministère de la Santé, Maputo, Mozambique

Baltazar Candrinho

Consortium espagnol pour la recherche en épidémiologie et santé publique (CIBERESP), Madrid, Espagne

Alfredo Maire

Département des sciences physiologiques, Faculté de médecine, Universidade Eduardo Mondlane, Maputo, Mozambique

Alfredo Maire

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Rédaction de la première ébauche du manuscrit : AM, CdS et SB Assistance technique pour le travail de laboratoire et analyse des données moléculaires : PC, AC, NH, BG, ST et ER Activités de terrain coordonnées : AN, BG, GM, LN, et AC Réaliser l'analyse bioinformatique : DD et NH Concevoir et concevoir les protocoles d'étude des études originales d'où provenaient les échantillons : PA, FS, BC, EM, PLA, SE, CG, BG, EdC, BG, MMP, JC, AP , AS, RZ et AM Participation à l'interprétation des résultats : AP, ER-V., DD, AA-D. et AM Commentaires sur le manuscrit : AP, AN, ER-V., CG, RZ, BG, SB, BG, MMP, SB, BG, PLA et AA-D. Révisé et approuvé le manuscrit final : All.

Correspondance à Alfredo Mayor.

Les auteurs ne déclarent aucun intérêt concurrent.

Communications Biology remercie Emanuel Heitlinger et les autres examinateurs anonymes pour leur contribution à l'examen par les pairs de ce travail. Rédacteurs principaux de la manipulation : Nishith Gupta, Zhijuan Qiu et George Inglis. Un dossier d'examen par les pairs est disponible.

Note de l'éditeur Springer Nature reste neutre en ce qui concerne les revendications juridictionnelles dans les cartes publiées et les affiliations institutionnelles.

Libre accès Cet article est sous licence Creative Commons Attribution 4.0 International, qui permet l'utilisation, le partage, l'adaptation, la distribution et la reproduction sur n'importe quel support ou format, à condition que vous accordiez le crédit approprié à l'auteur ou aux auteurs originaux et à la source, fournissez un lien vers la licence Creative Commons et indiquez si des modifications ont été apportées. Les images ou tout autre matériel tiers dans cet article sont inclus dans la licence Creative Commons de l'article, sauf indication contraire dans une ligne de crédit au matériel. Si le matériel n'est pas inclus dans la licence Creative Commons de l'article et que votre utilisation prévue n'est pas autorisée par la réglementation légale ou dépasse l'utilisation autorisée, vous devrez obtenir l'autorisation directement du détenteur des droits d'auteur. Pour voir une copie de cette licence, visitez http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.

Réimpressions et autorisations

da Silva, C., Boene, S., Datta, D. et al. Le séquençage ciblé et du génome entier révèle une division nord-sud dans les marqueurs de résistance aux médicaments et la structure génétique de P. falciparum au Mozambique. Commun Biol 6, 619 (2023). https://doi.org/10.1038/s42003-023-04997-7

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Reçu : 28 décembre 2022

Accepté : 30 mai 2023

Publié: 08 juin 2023

DOI : https://doi.org/10.1038/s42003-023-04997-7

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